Электрофорез капиллярный на чипе

Система Bioanalyzer 2100 использует микрофлюидную технологию LabChip, обеспечивает высокую точность результатов при минимальных объемах исследуемого образца.

В системе используется два принципа анализа: электрофореза и проточной цитометрии.

Источник света — светодиодный лазер; длина волны эмиссии, нм — 635; фотоэмиссионный детектор; длина волны детекции, нм — 685; фильтры эмиссии, нм — 488, 638 нм; формат — 16-луночные чипы; подключение к ПК — USB 2.0; габариты, ШхГхВ, мм — 162 × 412 × 290; вес, кг — 10.

Принцип работы: в системе применяют готовые чипы, заполненные агарозным гелем. Движение фрагментов ДНК в капилляре, как и в «классической» методике, происходит под действием тока. Для определения размеров НК, белков используют маркеры, окрашенные интеркалирующими и флуоресцентными красителями.

В случае применения цитометрического модуля: клеточная суспензия, предварительно меченная флюоресцирующими моноклональными антителами или флуоресцентными красителями, попадает в поток жидкости, проходящий через проточную ячейку. Условия подобраны таким образом, что клетки выстраиваются друг за другом за счет т. н. гидродинамического фокусирования струи в струе. В модуле возможно изучение зелёной и красной флуоресценции. Все результаты обрабатываются с помощью ПО 2100 Expert.

Области применения:

Приготовление библиотек при проведении NGS на секвенаторах ДНК HiScan SQ, HiSeq 2000, MiSeq (Illumina), 5500 xl W, 5500w, Ion Torrent IonProton, Ion Torrent PGM (Life Technologies); GS FLX+, GS Junior (Roche); подготовка образцов для парноконцевого секвенирования, ChIP-секвенирования; выделение белков и НК. контроль качества синтезированной in vitro матричной РНК, контроль чистоты выделенной РНК (RIN - RNA Integrity Number); определение уровня апоптоза; оценка жизнеспособности и пролиферации клеток; оценка экспрессии белков, в результате связывания с антителами; оценка экспрессии белков с помощью зелёного флуоресцентного белка (green fluorescent protein, GFP); оценка эффективности трансфекции миРНК (siRNA).

Преимущества:

Система позволяет анализировать ДНК, РНК, белки, клетки с использованием одного прибора; чувствительность, пг/мкл – 5 (для ДНК), 50 (для РНК), 1 (для белков); максимальная загрузка чипа — до 12 образцов на один чип; объем исходного образца, мкл — 1 (для ДНК и РНК), 4 (для белков), 10 мкл (для клеток); время анализа, мин — 25-45, в зависимости от используемого чипа.

Комплект поставки: станция подготовки чипов, вортекс IKA, ПО 2100 Expert, набор для электрофореза (приобретается дополнительно), набор для проточной цитометрии (приобретается дополнительно), ПК или ноутбук (приобретается дополнительно).

Характеристики чипов:

Образцы

High Sensitivity DNA

DNA 1000

DNA 7500

DNA 12000

Диапазон размеров, п.н.

50–7000

25–1000

100–7500

100–12000

Диапазон концентраций

5–500 пкг/мкл

0,5–50 нг/мкл

0,5–50 нг/мкл

0,5–50 нг/мкл

Время анализа, мин

45

35

30

30

Число образцов

11

12

12

12

Образцы

RNA 6000 Nano

Total RNA

RNA 6000 Nano

mRNA

RNA 6000 Pico

Total RNA

RNA 6000 Pico

mRNA

Small RNA

Количественный диапазон концентраций

25–500 нг/мкл

25–250 нг/мкл

-

-

50–2000 пкг/мкл

очищенной miRNA в воде

Качественный диапазон концентраций

5–500 нг/мкл

25–250 нг/мкл

50–5000 пкг/мкл в воде

250–5000 пкг/мкл

в воде

50–2000 pg/μL

очищенной miRNA в воде

Время анализа, мин

30

30

30

30

30

Число образцов

12

12

11

11

11

Образцы

Protein 80

Protein 230

High Sensitivity Protein 250

Диапазон размеров, кДа

5–80

14–230

10–250

Диапазон концентраций

60–2000 нг/мкл

15–2000 нг/мкл

0,3–3000 нг/мкл

Время анализа, мин

30

25

30

Число образцов

10

10

10

Образцы

Клетки

Красный канал

возбуждение - 620–645 нм;

эмиссия - 674–696 нм.

Синий канал

возбуждение - 458–482 нм;

эмиссия - 510–540 нм.

Минимальная клеточная пропускная способность

2,5 клетки / секунды

Минимальная плотность, кл/мл

2,0 x 106

Время анализа, мин

30

Количество образцов

6

Объём образца, мкл

10 (клеток 2 x 104 в мл)

Видео "Электрофоретическая система Bioanalyzer 2100":

подключение к ПК — USB 2.0;

автоматическая подача образцов (от 1 до 96);

несколько типов картриджей для разных молекул (фрагментированная ДНК, геномная ДНК, РНК, белки), рассчитанных на анализ 100-300 образцов;

время анализа одного образца — от 2 до 7 минут;

разрешение — 1-4 нуклеотида (в диапазоне длин от 100 до 500 нуклеотидов);

чувствительность — от 100 пг/мкл;

объём образца — 1 или 20 мкл, из которых в капилляр вводится 1 пл;

визуализация, количественный и качественный фрагментный анализ с помощью ПО.

скрининг ПЦР-продуктов;

генотипирование;

количественный и качественный анализ библиотек для NGS и нанопорового секвенирования;

анализ фрагментированности геномной ДНК;

анализ внеклеточной ДНК;

анализ олигонуклеотидов;

анализ продуктов рестриктазного расщепления;

оценка целостности РНК (RNA Quality Number), электрофорез белков (необходимо мечение FITC или Alexa 488).

автоматическая подача образцов (от 1 до 96);

несколько типов картриджей для разных молекул (фрагментированная ДНК, геномная ДНК, РНК, белки), рассчитанных на анализ 400-1200 образцов;

время анализа 4 образцов — от 2 до 7 минут;

разрешение — 1-4 нуклеотида (в диапазоне длин от 100 до 500 нуклеотидов);

чувствительность — от 100 пг/мкл;

объём образца — 1 или 20 мкл, из которых в капилляр вводится 1 пл;

визуализация, количественный и качественный фрагментный анализ с помощью ПО.

автоматическая подача образцов (от 4 до 8);

несколько типов картриджей для разных молекул (фрагментированная ДНК, геномная ДНК, РНК, белки), рассчитанных на анализ 100-300 образцов;

время анализа одного образца — от 2 до 7 минут;

разрешение — 1-4 нуклеотида (в диапазоне длин от 100 до 500 нуклеотидов);

чувствительность — от 100 пг/мкл;

объём образца — 1 или 20 мкл, из которых в капилляр вводится 1 пл;

визуализация, количественный и качественный фрагментный анализ с помощью ПО.

Система MultiNA - высокопроизводительная система электрофоретического разделения нуклеиновых кислот с использованием микрочиповой технологии. Система позволяет заменить рутинные методы классического гель-электрофореза.Минимальный объем образца, мкл — 5 (в режиме смешивания реагентов на микрочипе) или — 6 (при предварительном смешивании с реагентами); диапазон измеряемых концентраций ДНК, нг/мкл: 0,5 — 50; диапазон измеряемых концентраций РНК, нг/мкл: 25 — 500 (общая РНК); 25 — 250 (матричная РНК); предел обнаружения ДНК, нг/мкл — 0,2; предел обнаружения РНК, нг/мкл — 5; источник света — светодиод, 470 нм; кварцевый микрочип, электрофоретической канал длиной 23 мм; интегрированные платиновые электроды; напряжение — до 1,5 кВ, ток — 250 мкА; размеры, ШxГxВ, мм — 415×545×508; вес, кг — 43.

Принцип работы: в системе применяют готовые чипы, заполненные буферным раствором. Движение фрагментов ДНК в капилляре, как и в «классической» методике, происходит под действием тока. Для определения размеров НК, белков используют маркеры. Для анализа необходимо выбрать подходящий, по диапазону длин фрагментов НК, реагентный кит. Затем весь процесс, начиная с ввода образца, заканчивая промывкой микрочипа, производится автоматически. Все результаты обрабатываются с помощью ПО.

Области применения:

Приготовление библиотек при проведении NGS на секвенаторах ДНК HiScan SQ, HiSeq 2000, MiSeq (Illumina); 5500 xl W, 5500w, Ion Torrent IonProton, Ion Torrent PGM (Life Technologies); GS FLX+, GS Junior (Roche); подготовка образцов для парноконцевого секвенирования, ChIP-секвенирования; выделение белков и НК; определение уровня экспрессии генов; идентификация и количественный анализ транскриптов; контроль качества синтезированной in vitro матричной РНК, контроль чистоты выделенной РНК (RIN - RNA Integrity Number).

Преимущества:

Одновременный автоматизированный анализ до 108 образцов; высокая скорость анализа – до 5 мин; высокая чувствительность, благодаря флуориметрическому детектору; высокая воспроизводимость результатов; отсутствие использования бромистого этидия; автоматический ввод образца в микрочип и заполнение электрофоретического канала буферным раствором; автоматическая промывка микрочипа до и после измерения; специальное покрытие капилляров обеспечивает возможность многократного использования одного и того же микрочипа – до 3600 анализов.

Характеристики чипов:

DNA-500DNA-1000DNA-2500RNAОбъекты исследованияДНКДНКДНКРНКДиапазон размеров НК25-500 п.о.100-1000 п.о.100-2500 п.о.

до 28S рРНК

(~5,0 Кнт)

Разрешение, %551020

Точность определения

размера НК

± 5%± 15%± 15%n/a

Видео "Электрофоретическая система MultiNA MCE-202":